Op het einde van de negentiende eeuw besloot de Belgische regering een nieuwe haven te bouwen aan de kust van de Noordzee.

Op 1 juni 1894 werd een overeenkomst afgesloten tussen de Belgische Staat, de Stad Brugge en de Heren L. Coiseau en J. Cousin, waarin de voorwaarden werden vastgelegd betreffende de bouw en de uitbating van de nieuwe haven. Deze zou uit 3 onderscheiden delen bestaan :

• een voorhaven aan de Belgische kust;
  deze plaats werd "Zeebrugge" genoemd, hetgeen betekent "Brugge-aan-de-Zee";
• een zeekanaal vanaf de voorhaven naar Brugge
• een binnenhaven in Brugge zelf, gelegen ten noorden van de stad.

Deze overeenkomst werd op 11 september 1895 goedgekeurd door het Parlement en als wet bekrachtigd. Deze wet werd gepubliceerd in het Belgisch Staatsblad van 13 september 1895.

De werken voor de bouw van de haven werden uitgevoerd door een maatschappij die, binnen de 3 maand na de goedkeuring van de overeenkomst door het Parlement, opgericht werd door de heren L. Coiseau en J. Cousin.
Deze maatschappij werd opgericht op 25 november 1895 onder de benaming "Compagnie des Installations maritimes de Bruges", thans "Maatschappij van de Brugse Zeevaartinrichtingen" of M.B.Z.

Het kapitaal van deze maatschappij werd voor 50 % onderschreven door de Stad Brugge; de overige 50 % door de heren L. Coiseau, J. Cousin en door andere private personen.

De bouw van de haven werd dus door de M.B.Z. uitgevoerd en de M.B.Z. verkreeg ook de concessie voor het beheer en de uitbating van het nieuwe havencomplex.

De uitvoering van de werken startte vanaf 1896 en liep tot 1905.

Een moeilijke start

In de beginjaren bleef het scheepvaartverkeer ontgoochelend laag: elk jaar ontving Zeebrugge 200 à 250 schepen. Dit was hoofdzakelijk te verklaren door het gebrek aan terugvracht voor de schepen het ontbreken van adequate weg- en spoorverbindingen en de geringe hinterlandindustrie. Ook de verwachte transatlantische passagiersdiensten kenden niet het verhoopte grote succes. Er werden wel een tweetal regelmatige lijndiensten ingelegd: de passagiersdienst die 2 maal per week Zeebrugge met Hull verbond en een regelmatige verbinding met Rotterdam. De belangrijkste industriële vestiging uit die periode was de Cokesfabriek.

 De wereldoorlogen

Ten behoeve van de rijke (vooral Duitse) cruisepassagiers van de Hamburg-America-lijn werd op de Zeedijk van Zeebrugge door de MBZ het imposante “Palace Hotel” opgetrokken. Minister Van de Vijvere die het gebouw in 1914 plechtig inwijdde, besloot zijn rede met de woorden: “…en dat de Duitsers nu maar vlug afkomen!” 11 dagen later kwamen ze inderdaad, maar dan wel in uniform.

De Duitsers hebben tijdens de Eerste Wereldoorlog het belang van de strategische ligging van Zeebrugge bewezen. Zij maakte van Zeebrugge en Brugge de uitvalsbasis voor een gedeelte van hun vloot U-boten. In de haven van Brugge werden daarvoor ter bescherming van de duikboten bunkers gebouwd en de havendam werd verdedigd met zware artillerie. De toegang tot de haven werd bovendien gedeeltelijk geblokkeerd met een viertal barges die met netten en kettingen aan elkaar waren vastgemaakt. De totale Duitse troepenmacht in Zeebrugge was 1000 man sterk. Omwille van de grote risico’s die een aanval op Zeebrugge met zich mee zou brengen aarzelde het Britse leger tot in 1918 om tot actie over te gaan. Ze werden daartoe eigenlijk verplicht: in 1917 waren de Duitse U-boten erin geslaagd met 6 miljoen ton geallieerde schepen tot zinken te brengen. Op 22 april 1918 had Viceadmiraal Keyes het bevel over 168 schepen en kleine vaartuigen en een troepenmacht van 1.800 man. De aanval op Zeebrugge begon met een afleidingsmaneuver: 3 kruisers, waaronder het schip, de”Vindictive” bestormden de havendam om het Duitse zwaar geschut uit te schakelen. Ondertussen probeerden 3 kruisers gevuld met cement de havenmond voor de zeesluis te bereiken om ze daar tot zinken te brengen zodat het voor de U-boten onmogelijk zou worden nog uit te varen. De aanval was een succes, de Engelsen slaagden erin 2 van de 3 kruisers net voor de sluisdeur tot zinken te brengen. De slag om Zeebrugge wordt in de haven nog elk jaar herdacht op Saint-George's day.

Na de Eerste Wereldoorlog was de haven een puinhoop. De bergings- en herstellingswerken werden uitgevoerd door de firma Decloedt. In 1920 kon de haven opnieuw schepen ontvangen; de lijn Zeebrugge-Hull werd hervat en er kwam nog een nieuwe belangrijke lijndienst bij: de treinferry dienst naar Harwich. Langs het zeekanaal werd in 1925 de glasfabriek van Glaverbel operationeel.
Zeebrugge was ook een aantal keren de vertrekhaven voor de vloot van Congoboten van de Compagnie Maritime Belge. Daarmee werd bewezen dat Zeebrugge de grootste schepen kon ontvangen ondanks de verzandingsproblemen waarmee de haven werd geconfronteerd. In 1929 besliste de Belgische regering echter de kosten van de baggerwerken in alle Belgische havens op zich te nemen wat het havenbestuur nieuwe financiële ademruimte bood. In dat zelfde jaar liepen meer dan 1000 schepen Zeebrugge aan en werd meer dan 1 miljoen ton goederen behandeld.
De jaren 30 betekenden een stap terug: de economische crisis sloeg wereldwijd toe en de spanningen tussen het havenbestuur en de Stad Brugge liepen hoog op. Twee grote persoonlijkheden uit de geschiedenis van de haven slaagden erin de plooien glad te strijken: Pierre Vandamme, de latere burgemeester van Brugge en voorzitter van MBZ, en Achille Van Acker, socialistisch politicus en latere eerste minister van België.
In de tweede helft van de jaren 30 kwamen er in Zeebrugge nog een bunkerstation, een melasseterminal, een brandstofterminal en een staalfabriek bij. Het zwaartepunt van de havenactiviteit verschuift zich van de binnenhaven in Brugge naar de voorhaven op de kust.

In de Tweede wereldoorlog speelt Zeebrugge een eerder bescheiden rol. Net voor de komst van de Duitsers worden enkele schepen op strategische plaatsen afgezonken en worden de sluisdeuren opgeblazen. De Duitsers herstelden de schade en maakten van Zeebrugge een versterkte burcht die ze opnamen in hun Atlantikwal. Toen de bevrijding in zicht kwam begonnen ze de haveninstallaties systematisch te vernietigen behalve in Brugge waar ze op tegenstand van het verzet botsten. De haven was echter grotendeels verwoest en Zeebrugge was voor de tweede maal aan een heropbouw toe.